Pese a ser lesiones benignas, las aftas son muy dolorosas y muchas veces dificultan actividades simples como hablar y comer. Las aftas no son contagiosas, sin embargo sus causas no están del todo esclarecidas. Entre las causas que desencadenan su formación se han encontrado con más frecuencia las siguientes:

• Falta de hierro, vitaminas o ácido fólico.
• Estrés y trastornos emocionales.
• Cambios hormonales en la mujer, como los que ocurren antes y durante la menstruación.
• Alimentos y condimentos que irritan la mucosa, como chocolate, uva, cítricos, laurel y otros.
• Golpes ocasionados por el cepillado agresivo
• Alteraciones inmunológicas, es decir, fallas en el sistema de defensa del organismo.
• Mordeduras en las mejillas.
• Respirar por la boca, ya que esto reseca las mucosas y permite que se introduzcan microorganismos.
• Dientes dañados que lesionan el interior de la boca.
• Aparatos de ortodoncia mal adaptados, como brackets, puentes.
• Prótesis dentales mal ajustadas.
• Introducirobjetos duros o filosos en la boca.
• Particularmente en bebés, el contacto con chupones o biberones.

Todos estos factores pueden generar lesiones en las mucosas de la boca, y éstas son aprovechadas por bacterias, virus u hongos para establecerse y generar las aftas.